(一)高鐵對生物棲地的影響
交通建設是經濟發展與地方繁榮的基礎，四通八達的鐵路與公路的確也帶來了便捷的生活，但是卻也對自然生態與環境景觀造成相當程度的破壞與衝擊。
因此，交通建設除了必須思考傳統工程方法所帶來的問題之外，更必須思索採行以尊重環境生態為理念，落實生態保育為目標的設計規劃，期望能在兼顧人類交通經濟等需求下，減少對環境資源的破壞，維持人與自然環境的和諧共生。
尤其台灣的地形屬於高山多且呈山脈呈南北走向，因此主要河流大都是東西向，在西部有限的平原上，若是再加上為數眾多的南北縱貫的公路、高速公路以及鐵路，形成交叉切割，這些路廊會阻隔生物傳播與散佈，往往使得棲息地變成孤島，產生破碎的分離區塊。許多生物在覓食與繁洐上都需要完整而足夠大的區域，因此，台灣許多連續性路廊與運輸路線，造成台灣生態環境維繫上很大的威脅。
對於交通建設，顧慮生態保育的原則，有三種策略降低棲地的切割效應，分別是：
(1)迴避：避開敏感的棲息地以保護重要的生態系統，選用替代路線。
(2)減輕與縮小：以隧道或高架橋的方式提供野生動物移動的路徑，以及縮小工程量體的施作。
(3)補償或創出：在道路開發破壤生物重要棲息地之前，另外塑造同質性的環境供生物棲息，若是鄰近環境不適合營造，則考量以人為方式創造出不同性質的綠地環境，增加或不減損環境整體的生態效應。
台灣高鐵的土地開發與營建過程，在台南官田附近的水雉復育區棲地營造，就屬於第三種原則。
(二)水雉復育區的營造
水雉是公告的台灣第二級珍貴且稀有的保育類動物，從1865年英國博物學家史温侯首次記錄後，百年來，在全台灣各地，均可見其蹤影。但是由於近年土地的開發與環境破壞，到了1990年代，全台灣只有在台灣台南地區八掌溪到曾文溪兩溪之間平原區域的菱角田中可以發現，而且族群數量只有約七、八十隻左右。
台灣高鐵規劃路線281K到282K的橋墩，正好座落在水雉最重要的棲息地──葫蘆埤。民國83年，高鐵環境影響評估有條件通過，其中提到：「在生態部份，高速鐵路經過水雉、彩鷸等野生動物繁殖區之部份，尚未有具體保護措施，請另提保育計劃送審，未獲審查同意，該路段不得動工。」
民國87年，經環保署多次審查後通過『高速鐵路水雉等保育計劃草案』，在結論第二條提到：「應完成15公頃棲地租用事宜後，該路段始得動工。」並且在第三次審查會中決議：「如復育可行，則研擬擴大範圍」，為將來復育區擴大土地留下法源依據。
因為據調查，除了橋墩的棲地之外，高鐵沿線左右各100公尺為計，對水雉所產生的干擾合計約40公頃，因此，環保團體與學者們一致主張，復育區應該不得少於40公頃。
最後選定葫蘆埤南邊約2公里的台糖官田農場甘庶田，初期為15公頃來當作復育的棲地。
雖然水雉遍佈整個東南亞，但是沒有一個國家，有水雉棲地復育的經驗，台灣算是開路先鋒，由鳥會、濕地保護聯盟等民間保育團體共同組成水雉復育委員會，在台南縣政府委託授權之下，從民國89年元月開始動工，第一期工程7公頃在3月份完成，並且種下第一批菱角以及浮葉植物與邊坡植物。4月中旬台糖陸續交付第二期8公頃的土地，也在隨後立即作濕地的營造。
台灣高鐵對復育區的補助金額為每年二百萬元，台南縣政府約一百多萬元，這些經費對於一個十多公頃的復育區，包括埤塘營造、給排水、植栽、肥料、購買農機具、辦公費、雜項費用、人事費、貨櫃屋……等等，經費其實是不夠的，因此還必須推動水雉之友，期望以每人(或每單位)每年1000元的捐款每年募集200萬元來維持這個復育計劃。
除了經費拮据之外，棲地營造過程還遭遇了許多困難，比如地形的高低落差，在水生植物的種植、福壽螺的防治以及土堤的側壓等等，產生了很多管理上的困難。
其次是復育區的水源完全來自烏山頭水庫嘉南大圳，而大圳的供水時間是配合農作的需求，因此在長達三個月(11、12、1月)的枯水期，幾乎是完全沒有新的水源可以益助，對整個復育區是非常大的挑戰。
此外，因為經費不足，且經費來源一直無法很穩定，使得復育區的運作相對保守，同時因為國內外幾乎找不到太多相關的棲地營造資料，因此許多的基礎調查與試驗，必須一步一步地自行摸索。
(三)水雉復育區的未來展望
這個水雉復育計劃算是成功的，水雉族群數量從數十隻成長到數百隻，當然這也必須同時歸功於台南縣政府實施的『台南縣鳥水雉保育獎勵辦法水雉巢查核』(簡稱菱農獎勵辦法)，也就是說種植菱角的農夫只要在菱角田、埤、池塘或其他型態的棲地，於自然狀況下發現水雉幼鳥成功孵化出來，由台南縣政府提供一至二萬元的獎勵金。
這個辦法讓水雉除了這個復育區當作棲息地之外，即便在周邊農人種植的菱角田覓食或孵育，也不致於遭到捕捉。
同時，透過這個水雉復育區的營造，除了是台灣交通建設與生態平衡的一種典範之外，也吸引了許多民眾與大眾媒體的關心與參觀，是一種很好的環境教育機會，甚至在復育區的緩衝地帶，可以成為提供民眾環境學習的自然生態公園。
未來展望，希望能在復育區達到水雉最大的承載量後，配合目前正在全台灣各地出現的河濱濕地公園或埤塘，能以此地的經驗與協助下，讓水雉的美麗身影重現全台灣。
最近高雄的『水雉返鄉計劃』，就是一個成功的案例。
高雄左營蓮池潭附近有一塊面積十公頃，原本規劃為民俗技藝園區，後來因為預算不足而暫緩興建，民間團體以台南官田水雉計劃為典範，遊說高雄市政府，於是產生了一個全新的濕地公園，水雉也成功的重返高雄。
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